El lugar, San Francisco, una ciudad devastada por las guerras y los terremotos y completamente dividida en dos sectores independientes, uno para los humanos y otro para los mutantes. Aunque la muerte de Xavier ha traído un periodo de aparente paz y tranquilidad, la realidad es bien distinta, y mientras los X-Men se reagrupan bajo el mandato de un Cíclope que tiene que impedir la fuga de muchos de sus compañeros, la Hermandad de Magneto se rearma mientras espera una nueva batalla final.

Será entonces nuestro turno y para ello tendremos que escoger, primero, entre uno de los tres nuevos mutantes que aparecen en la saga, Aimi, Adrian, o Grant, y lo segundo y quizás, más importante es escoger el bando al que queramos ayudar, los X-Men de Lobezno, Emma Frost, Pixie, Colossus, Gambit, Iceman, NorthStar y Forge, o la Hermandad de Juggernaut, Mística, Toad o Caliban.