Esta vez, volvemos a un universo medieval fantástico con magia que resulta ser el mismo del primer Puzzle Quest. En consecuencia, habrá un par de crossovers y cameos.
Por ejemplo, se pasaremos por reinos que aparecían en el primer Puzzle Quest así como también se harán referencias a eventos ocurridos en ese juego como parte de la historia pasada.
Además, veremos a algunos de los enemigos y amigos del primer Puzzle Quest como unidades y héroes en este juego (como es el caso de Krong el, ogro).